دو وزیر اسبق اطلاعات از عملکرد بنیانگذار جمهوری اسلامی در مورد اعدام‌های گروهی تابستان ۱۳۶۷ دفاع کرده‌اند. فلاحیان می‌گوید آیت‌الله خمینی اعتقادی به قضاوت تاریخ نداشت؛ دری نجف‌آبادی هم می‌گوید “امام تکلیف‌مدار بود”. ….

دویچه وله:
علی فلاحیان، وزیر اطلاعات کابینه اکبر هاشمی رفسنجانی، در مورد فایل صوتی اخیرا منتشرشده از حسینعلی منتظری با پایگاه خبری “رسا” گفت‌وگو کرده است؛ فایلی مربوط به دیدار منتظری با حسینعلی نیری (حاکم شرع وقت)، مرتضی اشراقی (دادستان وقت)، ابراهیم رئیسی (معاون وقت دادستان) و مصطفی پورمحمدی (نماینده وقت وزارت اطلاعات در زندان اوین) در تاریخ ۲۴ مرداد ۱۳۶۷ که در آن منتظری از اعدام جمعی زندانیان در تابستان همان سال به شدت انتقاد می‌کند. به گفته‌ی فلاحیان، حسینعلی منتظری و بنیانگذار جمهوری اسلامی درباره “محاربین و اهل بغی یعنی افرادی که علیه حکومت اسلامی شورش می‌کنند”، از نظر فقهی هم‌نظر بوده‌اند؛ منتظری هم مانند خمینی معتقد بوده که این افراد باید اعدام شوند؛ اما به خاطر “مصلحت” و “به دلیل قضاوت بد تاریخ” با اعدام‌های تابستان ۶۷ مخالف بوده است؛ در حالی که خمینی معتقد بوده که «باید حکم خدا را اجرا کرد و توجهی به قضاوت تاریخ نداشت».

حسینعلی منتظری در فایل صوتی منتشر شده خطاب به گروه تصمیم‌گیر برای احکام اعدام گفته بود: «به نظر من بزرگترین جنایتی که در جمهوری اسلامی شده و در تاریخ ما را محکوم می‌کنند به دست شما انجام شده و شما را در آینده جزو جنایتکاران توی تاریخ می‌نویسند.» منتظری در رابطه با نقش خمینی در تأیید این احکام اعدام می‌گوید: «من می‌خوام پنجاه سال دیگه برای آقای خمینی قضاوت نکنند بگویند آقا یک چهره خونریز سفاک و هتاکی بود [...] چهره ولایت فقیه را ما کریه نشان دادیم.»

فلاحیان در واکنش به اعدام کسانی که به حبس محکوم شده و دوران محکومیت خود را می‌گذراندند، مدعی شده که بسیاری از “منافقین” (اعضای سازمان مجاهدین خلق) پس از گذراندن دوران زندان علیه جمهوری اسلامی “دست به عملیات زدند”: «حضرت امام می‌فرمود که مراقب باشید چنین افرادی فرار نکنند و از زندان آزاد نشوند [...] بسیاری از منافقین دوران زندان خود را گذرانده بودند و برگشتند و به عراق رفتند و علیه جمهوری اسلامی عملیات کردند و افراد را کشتند».

“تکلیف‌مداری” خمینی
قربانعلی دری نجف‌آبادی، عضو هیأت رئیسه مجلس خبرگان و وزیر اطلاعات کابینه نخست محمد خاتمی، نیز در واکنش سخنان منتظری به وبسایت “رسا” گفته است که “امام برای خدا تصمیم می‌گرفت، امام تکلیف‌مدار بود و هیچ ملاحظه احدی را نداشت”.
احمد خاتمی، امام جمعه موقت تهران، هم ۲۹ مردادماه گفته بود: «آنچه امام راحل در سال ۶۷ صورت داد کاری فقهی، قرآنی، ‌انقلابی و خدمتی بزرگ به ملت مسلمان ایران بود».
انتشار عمومی نوار صحبت‌های حسینعلی منتظری در مورد اعدام‌های دسته‌جمعی تابستان ۱۳۶۷ بیش از هر رویداد دیگری سکوت مقام‌ها و مراجع رسمی درباره آن کشتار را شکست. با وجود این‌که پیش از این هم در کتاب خاطرات منتظری به این موضوع اشاره شده بود، کمتر مقام و مرجعی در ایران در این مورد موضع‌گیری کرده بود. پس از انتشار نوار، مقام‌ها و شخصیت‌های جمهوری اسلامی که به آن واکنش نشان دادند، در قریب به اتفاق موارد اعدام‌های یادشده را لازم و ضروری برشمردند. تنها مصطفی تاج‌زاده، عضو شورای مرکزی جبهه مشارکت ایران اسلامی و سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی ایران، در واکنش به فایل صوتی منتظری از بازماندگان قربانیانی که عضو سازمان مجاهدین خلق نبودند، عذرخواهی کرد.