در نامه میرحسین موسوی خطاب به رئیس جمهوری وقت، دلایل استعفا، «مسلوب الختیار شدن دولت در سیاست خارجی»، «عملیات برون مرزی که بدون اطلاع و دستور دولت»، «تجزیه سازمان برنامه و بودجه از دولت»، «تجزیه اقتدار مشروع و قانونی دولت و مسئولیت دولت توسط شوراهای گوناگون» و«نبود قدرت پاسخگویی» ذکر شده است. در این نامه، به اعدام‌ها اشاره نشده است.

خودنویس:

منبع: انقلاب اسلامی در هجرت

متن این نامه به شرح زیر است:

بسمه تعالی

مقام محترم ریاست جمهوری

برای آنکه دشمنان اسلام و کشور نتوانند سوء استفاده نمایند، اینجانب در استعفانامه خود که برای رسانه‌ها نیز ارسال گردیده است، دلایل را ذکر نکردم. با این نیت که ذکر آنها انشالله در آینده برای کشورمان و دولت‌های بعدی مفید باشد، بصورت خیلی خلاصه به بیان آنها می‌پردازم:

۱ ـ  مسلوب الختیار شدن دولت در سیاست خارجی. امروز امور افغانستان و عراق و لبنان در دست جنابعالی است. نامه‌هائی به عنوان کشورهای مختلف نوشته می‌شود بی‌آنکه دولت از آنها خبری داشته باشد. (اینجانب به عنوان نخست وزیر از این نامه ها جز در موارد استثنائی و آنهم بطور اتفاقی بی‌خبرم).

نخست وزیر ژاپن برای ریاست محترم مجلس و ریاست محترم مجلس برای نخست وزیر ژاپن نامه می‌نویسد و اینجانب در یک مراسم عمومی و مردمی از این ماجرا و متن نامه با خبر می‌شود.

آقای لاریجانی در جایی می‌گوید از پنج کانال با آمریکا تماس گرفته می‌شود و بنده بعنوان رئیس هیئت وزیران از این کانال‌ها اطلاعی ندارم.

همه جا صحبت از سیاست‌های خارجی دولت جمهوری اسلامی است. بدون آنکه دولت از این سیاست‌ها که در همه جای کشور و جهان بیان می‌شود، خبر داشته باشد.

۲ ـ  عملیات برون مرزی که بدون اطلاع و دستور دولت صورت می‌گیرد. شما بهتر می‌دانید که تاکنون فاجعه آفرینی و اثر نامطلوب آنها برای کشور چقدر بوده است. بعد از آنکه هواپیمایی ربوده می‌شود، از آن باخبر می‌شویم. وقتی مسلسلی در یکی از خیابان‌های لبنان گشوده می‌شود و صدای آن در همه جا می‌پیچد، متوجه قضیه می‌شویم. پس از کشف مواد منفجره از حجاج ما در جده، اینجانب از این امر آگاه می‌شوم. متاسفانه و علیرغم همه ضرر و زیانی که این حرکت متوجه کشور کرده است، هنوز نظیر این عملیات می‌تواند هر لحظه و هر ساعت بنام دولت صورت گیرد.

۳ ـ  تجزیه سازمان برنامه و بودجه از نخست وزیری که به دلایل سیاسی صورت گرفت، از همان اول ضایعه آفرین بوده و ادامه آن در شرایط نوسازی کشور فاجعه بار خواهد بود. متاسفانه این مشکل و مشکل وزرای مشاور، علیرغم طرح در شورای تشخیص مصلحت، به تاخیر افکنده شده و حل نگردیده است هر چند که به هرحال حق شورای تشخیص مصلحت است و اینجانب انتظاری در این خصوص ندارم.

۴ ـ  تجزیه اقتدار مشروع و قانونی دولت و مسئولیت دولت و وزرا توسط شوراهای گوناگون.

۵ ـ  عدم قدرت اینجانب به پاسخگویی در مقابل اعضا هیات دولت و نمایندگان محترم مجلس در مورد کارهائی که بدون اطلاع دولت، ولی بنام دولت، صورت می‌گیرد.

۶ ـ  در خاتمه لازم می‌دانم بار دیگر یادآور شوم که این استعفا، العیاذ بالله، بمعنای قهر اینجانب از نظام و دولت جمهوری اسلامی و مسئولین انقلابی آن نیست که اگر هم بود، با توجه به عظمت انقلاب و ناچیزی اینجانب، یقینا نمی‌توانست هیچ تاثیری در روند رشد و توسعه انقلاب اسلامی داشته باشد. این استعفا دلیل ناتوانی اینجانب برای کار به‌دلیل همین ناتوانی است و درست بدلیل همین ناتوانی است که اینجانب مسئولیت را از خود ساقط می‌بینم.

میرحسین موسوی

۱۴ شهریور ۱۳۶۷